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Pepe Sánchez llamó la atención de John Chaney con un video de sus jugadas y recibió una invitación para unirse a Temple University en 1996. Esa temporada tuvo buenos números, promediando 8.5 puntos, 5.9 asistencias, 4.8 rebotes y 3.1 robos en 116 partidos. Tras una buena campaña, jugó el March Madness, donde vencieron a Mississippi en primera instancia, pero luego cayeron ante Minnesota, con Sánchez aportando 10 puntos, 4 rebotes y 5 asistencias en ese último partido.

Con 19 años, Juan Ignacio Sánchez logró llegar a la final regional del March Madness de 1999. En la temporada promedió 9.6 puntos y 4.9 asistencias, y su mejor actuación personal fue en la semifinal ante Purdue, donde Temple ganó 77-55. En ese partido, el ex Estudiantes aportó 17 puntos, 6 rebotes y 9 asistencias en 39 minutos. Para llegar a esa instancia, su equipo dejó en el camino a Texas, Cincinnati y el ya mencionado Purdue.

En la final, se enfrentaron a la histórica Universidad de Duke, dirigida por el legendario Mike Krzyzewski. "Coach K" tuvo una grandísima trayectoria en la institución, donde dirigió desde 1980 hasta 2022 y ganó cinco campeonatos de la NCAA. En esa final regional, Temple Owls, con Pepe Sánchez como titular, cayó por 85-64. El bahiense jugó 39 minutos y registró 10 puntos, 5 rebotes y 4 asistencias.

Finalmente, Duke llegó a la final del torneo, pero perdió ante otra universidad mítica: UConn.