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Pese a ser uno de los equipos fundadores de la Liga Nacional, recién en 1990 Boca Juniors pudo volver a la máxima categoría del básquet argentino. A partir de allí siempre fue protagonista y tuvo su primer título liguero en 1996 venciendo a Independiente de General Pico de la mano de Julio Lamas, Byron Wilson, Sebastián Festa, Claudio Farabello, Gabriel Fernández y Diego Prego.

Tras varios años sin llegar a instancias definitorias, el Xeneize alcanzó la final en 2003 en la que cayó ante Atenas de Córdoba. Un año más tarde llegó su segundo título luego de ganarle en la final a Gimnasia y Esgrima La Plata por 4 a 2, nuevamente con Wilson como MVP y las apariciones de Paolo Quinteros, Diego GuaitaSebastián Rodríguez, Martín Leiva y Juan Pablo Sartorelli.

Boca logró otro subcampeonato en la temporada siguiente, cayendo ante Ben Hur de Rafaela y en 2007 llegó su tercer y último (hasta el momento) título de la Liga Nacional en su historia. Eduardo Cadillac se convertía en el entrenador y formaron un plantel interesante con la llegada de Leo Gutierrez, Raymundo Legaria y Gustavo Oroná, además de otras figuras como Lázaro Borrell, Leandro Palladino y Luís Cequeira.

Pese a ganar la Copa Argentina y el Sudamericano de Clubes en 2006 y realizar una buena labor en los primeros juegos de la temporada, la Tola Cadillac dejó de ser el entrenador y Gabriel Picatto asumió como head coach. Recibieron una invitación por parte de AdC para jugar el Súper 8 en Ruca Che y cayeron ante Peñarol de Mar del Plata por la mínima diferencia.

Ya en principios de 2007 el equipo empezaba a encontrar su funcionamiento y le permitieron finalizar la fase regular en la primera posición (detrás de Peñarol de Mar del Plata), con un récord de 36 triunfos y 24 derrotas.

En los cuartos de final llegó Ben Hur de Rafaela. Boca perdió los dos primeros juegos como local, sin Leo Gutierrez lesionado. Pero milticampeón de liga apareció en Rafaela, ganó los dos juegos como visitante y también se quedó con el quinto por 82-75, para jugar semifinales ante Libertad de Sunchales.

Los primeros juegos fueron en el Hogar de los Tigres y, pese a la llegada de Patricio Rodríguez, Libertad se quedó con los dos primeros juegos por 91-67 y 90-83, para que la serie se mude a Capital Federal y Boca esté entre las cuerdas. Allí aparecieron Junio Cequeira, Martín Leiva y Leonardo Gutierrez, para empardar la serie y definir todo en el quinto juego.

Nuevamente en Sunchales, Libertad se quedó con los tres primeros cuartos, pero allí apareció el foráneo Lázaro Borrel para dar vuelta el juego y quedarse con el pase a la final por 70-68.

Boca y Peñarol fueron los dos mejores equipos de esa temporada y definieron los tres títulos que ofrecía la máxima categoría. Boca pegó en Mardel de entrada por 61-57, pero Peña empató al vencer 77-75 e incluso llegó a pasar al frente en la serie al ganar 58-57 en la Bombonerita en el juego 3. El cuarto partido fue uno de los más parejos, y los de Picatto se lo llevaron por 77-74.

Cuando la serie volvió a mudarse a la feliz, Boca jugó un partido inteligente en defensa para quedárselo por 66-58. Allí volvieron a jugar en Capital Federal y en la Bombonerita no entraba un alfiler. El partido fue parejo, los de Carlos Romano no se rindieron y presentaron una dura batalla para intentar estirar la serie a un juego siete. Pero Boca no quería lo mismo, apareció Leo Gutierrez con seis triples y 21 puntos, sumado a las 25 unidades de Gustavo Oroná, para que los de Gabriel Picatto se queden con el partido por 89-81 y levantar el tercer título de su historia.

El plantel estaba compuesto por Raimundo Legaria, Martín Leiva, Leonardo Gutiérrez, Gustavo Oroná, Luis Cequeira, Lázaro Borrell, Jamal Robinson, Leandro Palladino, Patricio Rodríguez, Matías Fioretti, Lucas Ortiz, Jonatan Slider, Federico Aguerre, Martín Miner, Leandro Podestá, Nahuel Rodríguez. Mientras que el entrenador fue Gabriel Picatto, quien también fue asistente de Eduardo Cadillac en la primera mitad del año.