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Cuando Juan Ignacio Sánchez debutó en la Liga Nacional, se esperaba que su rendimiento en la base fuese extraordinario por sus buenas condiciones. En 1996 se mudó a Estados Unidos para estudiar Licenciatura en Historia y jugó durante tres temporadas en la Universidad de Temple y en todas llegó al histórico March Madness con actuaciones históricas.

Pepe Sánchez jugó tan solo dos temporadas en la Liga Nacional, antes de continuar su carrera en Estados Unidos. Sus buenas actuaciones en Deportivo Roca y Estudiantes de Bahía Blanca entre el año 1994 y 1996 le bastaron para llamar la atención de John Chaney. El base le envió un video casero de sus jugadas y recibió la invitación formal de Temple University para empezar sus estudios allí y jugar en el equipo de la Universidad.

Allí tuvo estadísticas brillantes, que con ellas se ganó un lugar en la NBA donde debutó en Philadelphia 76ers pasada la medianoche del 1 de noviembre del 2000. En 116 partidos que disputó con Temple Owls, promedió un total de 8,5 puntos, 5,9 asistencias, 4,8 rebotes y 3,1 recuperos en 36,1 minutos por juego.

Tras una buena primera temporada, donde Pepe promedió 10 puntos, 4.2 rebotes y 5.3 asistencias. La Universidad de Temple logró la clasificación al March Madness de la temporada 1996/97. El primer partido lo disputó ante Mississippi y su equipo venció por 62-40. Sánchez jugó 38 minutos y encestó tan solo un punto. En la siguiente ronda cayeron ante Minnesota por 76-57 y el base aportó 10 puntos, 4 rebotes y 5 asistencias.

Con 19 años, Juan Ignacio Sánchez logró llegar a la final de regional del March Madness de 1999. En la temporada tuvo 9.6 puntos y 4.9 asistencias de promedio y su mejor actuación personal fue en la semifinal ante Purdue por 77-55 y el ex Estudiantes aportó 17 puntos, 6 rebotes y 9 asistencias en 39 minutos en cancha.

En la final le tocó cruzar con la histórica universidad de Duke dirigída por el histórico Mike Krzyzewski. Allí cayeron por 85-64 y el bahiense tuvo 39 minutos de juego y arrojó una estadística de 10 puntos, 5 rebotes y 4 asistencias.

Su última temporada en la Universidad de Temple Owls lo mostró en un rol más asistidor y de armador de juego. Bajó a 5.6 su promedio de puntos, pero totalizó 8 asistencias por partido en la temporada regular. Esta virtud de Pepe se vio en el partido de la primera ronda del March Madness del 2000, donde el miembro de la Generación Dorada repartió 15 asistencias en el triunfo de Temple ante Lafayette por 73-47.

Su último partido en la Locura de Marzo fue ante Seton Hall, donde cayeron por 67-65 con 2 puntos y 6 asistencias del argentino. A finales de noviembre de 2016, y gracias a su estupenda labor como jugador, Juan Ignacio Sánchez ingresó al Anillo de Honor de Temple.