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Unión fue parte de la primera edición de la Liga Nacional, en 1985, cuando tuvo a Flor Meléndez como entrenador y figuras de la talla de Carlos Romano, Luis González, James Griffin y Willie Quiñones. Tuvo una primera fase en la que finalizó en la cuarta ubicación, mientras que en la segunda se ubicó en la sexta ubicación, con récord de 19-15. En playoffs eliminó a Argentino de Firmat y luego no pudo ante River en cuartos de final.

En la segunda temporada de la Liga Nacional, en 1986, el tatengue repitió entrenador con Flor Meléndez y repitió a Carlos Romano, mientras que sumó a Esteban Camissasa y Gabriel Milovich. Los tres jugadores mencionados y el entrenador fueron parte del seleccionado de Argentina que jugó el Mundial de España. Luego de una primera fase en la que igualó con Atenas de Córdoba en el primer puesto, se dio una segunda en la que tuvo irregularidad, por lo que terminó en la décima ubicación con un balance de 16 triunfos en 30 partidos. En octavos de final quedó eliminado por Firmat.

En 1987 llegaría la última campaña en la máxima división argentina dado que terminaría en descenso. Con José Cavallero como entrenador, Unión tuvo una mala primera parte y quedó en la penúltima ubicación, a pesar de haber tenido a Mario Elie en esta etapa durante 8 partidos, donde promedió 19.5 puntos (Luego sería campeón de la NBA con Lakers). En la segunda fase no pudo levantar y terminó perdiendo la categoría, con un récord de 14 victorias y 23 derrotas, a pesar de haber tenido a figuras de la talla de Sebastián Uranga (18 puntos de promedio), Hernán Montenegro (15 partidos y 16.1 unidades) o el extranjero Tommy Anderson (24.5 conversiones por partido).

A partir de allí inició un periplo largo. En 1988 participó de la Liga B (actual Liga Argentina) y estuvo muy cerca de ascender, al finalizar en la cuarta ubicación final. 12 años después, en el 2000, volvió a la Liga B (ahora el Torneo Federal), al ascender desde la Primera C. En otro salto en el tiempo, 13 años después, Román "Memo" Rodríguez fue el artífice del ascenso a la Liga Argentina con un triple desde atrás de la mitad de la cancha que le dio el título del Federal y el ascenso al Torneo Nacional de Ascenso.

Y ahora tuvo que batallar en la segunda categoría durante ocho largos años, para terminar festejando el regreso a la Liga Nacional al vencer en la final a Villa Mitre de Bahía Blanca.Hoy, 34 años después de este momento amargo, el tatengue logró recuperar su lugar en la Liga Nacional, y bien merecido lo tiene.